Logiciels
TotemBioNet:
Méthodologie assistée par ordinateur pour la modélisation des réseaux biologiques
- TotemBioNet est une plate-forme dédiée à l'identification des paramètres pour la formalisation discrète de René Thomas. TotemBioNet exploite la complémentarité des approches basées sur la logique de Hoare et la logique temporelle. Le bénéfice est double. D'une part, le pouvoir d'expression est renforcé. Pour un même cas d'étude, il est permis d'exprimer des propriétés d'atteignabilité telles que la multi-stationnarité ou l'homéostasie par la logique temporelle, ainsi que des propriétés de chemins par la logique de Hoare. D'autre part, les performances sont améliorées car la plus faible pré-condition calculée par logique de Hoare sert à réduire l'espace de recherche des paramétrages.
Holmes BioNet:
HOare Logic for Modeling ExperimentS in Biological Networks
- Holmes BioNet permet la construction de contraintes sur les paramètres d'un modèle hybride de réseaux de régulation génétique à partir d'une trace discrète chronométrée. Cet outil utilise des techniques basées sur la logique de Hoare pour construire des contraintes qui mènent à un modèle présentant la trace spécifiée.
- Voir l'article A hybrid Hoare logic for gene network models (ArXiv, 2016).
DyMBioNet:
Dynamical Models of Biological Networks (pas encore mis à disposition)
- inclut SMBioNet (sélection de modèles répondant à une spécification CTL) mais ajoute un simulateur et un model-checkinh équitable.
HyMBioNet:
Hybrid Modeling for Biological
Network
- HyMBioNet est un simulateur de trace de modèles hybrides de réseaux génétique.
- Voir le chapitre de livre Hybrid Gene Networks: a new Framework and a Software Environment (2016).
SMBioNet:
Selection of Models of Biological Networks (inclus dans TotemBioNet depuis 2019)
- aide à la modélisation de réseaux génétiques dans le cadre de la théorie discrète de R. Thomas. Cet outils permet de sélectionner les modèles qui satisfont une spécification exprimé en CTL.