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Enseignements

• Page d'accueil du département Génie Biologique de Polytech Nice-Sophia, où il y a quelques informations sur l'option Bio-Informatique et Modélisation pour la Biologie.
  Présentation de l'option : pdf
  
  
• Mes enseignements actuels à l'université de Nice Sophia Antipolis

  2024-2025 (prévision)

  IA symbolique pour les réseaux biologiques complexes, EPU GB 5, cours/TDs. Introduction à l'Intelligence Artificielle pour la biologie, EPU GB 5, cours/TDs. Algorithmique pour la bio-informatique, EPU GB 4, cours. Techniques de simulation pour la biologie, EPU GB 4, cours/TDs. Biologie Systémique ECUE 2 : Méthodes formelles pour la modélisation discrète, Master 1 SVS, parcours BBC, cours/TDs.

• Mes enseignements des années précédentes (janvier 1995 - Juin 2023)

Support de cours (voir matériel pédagogique) ▶

Ressources pratiques ▲

• équipements multimédia du Campus SophiaTech
• Gestion financière - Polytech

Encadrements ▲

• Co-encadrement de thèses :
  • "Modélisation formelle du métabolisme cellulaire sous l’influence de molécules carcinogènes.", V. Vigeant (commencée en 2024, encadrement avec G. Bernot)
    
  • "Extraction de traces d’événements dans les réseaux biologiques: application au cycle circadien pour la chronothérapie du cancer.", G. Grataloup (commencée en 2023, encadrement avec D. Pallez et G. Bernot)
    
  • "In vitro cell morphology analysis for small molecule safety and human risk assessment.", F. Camilleri (soutenance prévue en décembre 2024, convention CIFRE, encadrement avec D. Rouquié)
    
  • "Recherche arborescente Monte Carlo et évolution artificielle pour l’identification de paramètres dynamiques dans les réseaux de régulation génétiques hybrides.", R. Michelucci (soutenance prévue en décembre 2024, encadrement avec D. Pallez)
    
  • "Cycle de vie des modèles discrets et application à la régulation du métabolisme des cellules cancéreuses du pancréas.", L. Gibart (soutenue en 2022, encadrement avec G. Bernot et H. Collavizza)
    
  • "Modélisation formelle de comportements cycliques biologiques avec points de contrôle: la régulation du cycle cellulaire.", D. Boyenval (soutenue en 2022, encadrement avec G. Bernot, H. Collavizza et F. Delaunay)
    
  • "Exploration of the use of public toxicological data for chemical hazard prediction through computational methods.", I. Grenet (soutenue en 2019, convention CIFRE)
    
  • "Couplage de réseaux biologiques à comportement oscillatoire : application aux liens entre cycle circadien et cycle cellulaire.", J. Behaegel (soutenue en 2018, encadrement avec F. Delaunay)
    
  • "Modélisation informatique pour l'évaluation toxicologique", B. Miraglio (soutenue en 2018, encadrement avec G. Bernot et C. Risso-de Faverney)
    
  • "Modèles qualitatifs de réseaux génétiques : réduction de modèles et introduction d'un temps continu", E. Cornillon (soutenue en 2017, encadrement avec G. Bernot)
    
  • "Logique de Hoare et Inférence formelle des paramètres d'un réseau génétique", Z. Khalis (soutenue en 2010, encadrement avec G. Bernot)
    
  • "Modélisation hybride temporelle et analyse par contraintes des réseaux de régulations biologiques", J. Fromentin (soutenue en 2009, encadrement avec O. Roux et P. Le Gall)
    
  • "Transformations de graphes pour les opérations topologiques de la modélisation géométrique -- Application à l étude de la dynamique de l appareil de Golgi", M. Poudret (soutenue en octobre 2009, encadrement avec P. Le Gall et A. Arnould)
    
  • "Réseaux de Petri hybrides temporisées, réseaux de régulation génétiques et vérification", S. Troncale (soutenue en septembre 2008, encadrement avec G. Bernot)
    
  • "Modélisation des réseaux de régulation génétiques: utilisation des Extended Labelled Transition Systems", D. Mateus (thèse interrompue en 2006, encadrement avec P. Le Gall)
    
  • "Modèle formel pour les réseaux de régulation génétique et influence des circuits de rétroaction", A. Richard (soutenue en septembre 2006)
    
• Master 2 Recherche / Stages Ingénieurs / DEA (5ème année) :
  • "Modélisation qualitative du métabolisme cellulaire dans le contexte d’une cellule engagée dans une voie oncogénique", Valentin Vigeant, EPU GB5 (co-encadré avec G. Bernot, février-juillet 2024).
  • "Modélisation qualitative de la dysfonction mitochondriale dans la maladie d’Alzheimer", Kélian Bonhomme, EPU GB5 (co-encadré avec G. Bernot, février-juillet 2024).
  • "Combining Evolutionary Algorithms and Reinforcement Learning for Gene Regulatory Network parametrization", Marina Diaz-Uzquiano, MSc DSAI de l'UCA, (encadré par D. Pallez, février-juillet 2023).
  • "Etude de la dysfonction mitochondriale dans la maladie d’Alzheimer : modélisation qualitative et IA symbolique", Mouncef El Ouardi, M2 BIM de l'UCA, (co-encadré avec G. Bernot, février-juillet 2023).
  • "Extraction de traces d’événements dans les réseaux biologiques : application au cycle circadien des mammifères", Guillaume Grataloup, EPU GB5, (co-encadré avec G. Bernot, février-juillet 2023).
  • "Modélisation discrète pour un oscillateur synthétique dans les cellules eucaryotes", Coraly Soto, EPU MAM5, (co-encadré avec G. Bernot, avril-septembre 2022).
  • "Modélisation métabolique pour le cancer du pancréas", Laetitia Gibart, EPU GB5, (co-encadré avec G. Bernot, février-juin 2019).
  • "Construction d'un modèle hybride de cycle cellulaire chez le mammifère", Jonathan Behaegel, EPU GB5, (co-encadré avec G. Bernot, février-juin 2015).
  • "Réduction de modèles qualitatifs de réseaux génétiques", Emilien Cornillon, M2-Rech Sciences de la vie et de la santé, parcours Biologie-Informatique-Mathématiques (co-encadré avec G. Bernot, février-juin 2013).
  • "Test of gene regulatory network models", Varaprasad Barghavi, M2-Rech Computational Biology and Biomedicine (co-encadré avec E. De Maria et G. Bernot, mars-septembre 2012).
  • "Réductions de graphes de régulation préservant les comportements", J. Laville, M2-Rech IFI - Informatique Fondements et Ingénierie (co-encadré avec G. Bernot, mars-septembre 2011).
  • "Modélisation hybride des réseaux de régulation génétique", X. Castanar, M2-Rech IMBI, février 2007-juillet 2007.
  • "Réseaux de régulation génétique et programmation par contraintes" J. Fromentin, M2-Rech IMBI (co-encadré avec O. Roux, P. Le Gall, juin 2006)
    
  • "Classification non supervisée de modèles discrets de réseaux génétiques", C. Damon, DEA Mathématiques, Vision et Apprentissage, Ens Cachan (co-encadré avec F. d'Alché-Buc, septembre 2005)
    
  • "Modélisation des réseaux de régulation génétique par des graphes bipartis", D. Girin, DEA AMIB, Evry (juin 2005)
  • "Techniques de Test pour proposer des plans d'expériences biologiques", X. Goffin, DEA AMIB, Evry (co-encadré avec P. Le Gall et G. Bernot, juin 2004)
    
  • "Intégration des Aspects Temporels dans l'Analyse des Réseaux de Régulation", H. Hanen, DEA AMIB, Evry (co-encadré avec F. Delaplace, juin 2004)
    
  • "Extension du modèle de R. Thomas pour l'exploitation des données issues des puces à cellules", C. Auliac, DEA AMIB, Evry (co-encadré avec V. Frouin, juin 2003)
    
  • "Réseaux de Petri et réseaux de régulation génétique de R. Thomas ", C. Müller, DEA AMIB, Evry (co-encadré avec F. Delaplace, juin 2003)
    
  • "Modélisation des réseaux de régulation génétique : Approche par Model-Checking ", A. Richard, DEA AMIB, Evry (juin 2003)
    
  • "Un langage formel pour les réseaux génétiques ", S. Pérès, DEA AMIB, Evry (co-encadré avec G. Bernot, juin 2002)
    
  • "Analyse des données du transcriptome : mise en oeuvre de ma méthode de Shamir et Sharan", M. Van de Voorde, DEA AMIB, Evry (juin 2001)
• DESS :
  • "Modélisation des réseaux de régulation génétique", Stéphane Liauzu (co-encadré avec H. Klaudel, sept 2004)
    
• TER de Maitrise :
  • "Analyse des données : classification hièrachique et pyramidale", A. Beriache et F. Pascual (juin 2002)
  • "La comparaison de séquences biologiques", A. Bekhti et D. Euranie (juin 2001)
• Autres :
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2023) : Simulation de traces équitables dans des modèles de réseaux génétiques discrets, Simon Rouget
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2022) : Extraction d'un graphe de régulation à partir de traces dicrètes expérimentales, Valentin Grenet
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2021) : Design d'un oscillateur synthétique, Tom Mauger-Birocheau. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2021) : Modélisation de la bithérapie rivaroxaban-aspirine, Noé Robert. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2021) : Réalisation d'un programme permettant à partir de traces expérimentales d'obtenir le graphe d'interactions d'une population de gènes étudiée, Antoine Chabot. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 4ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (octobre 2020- janvier 2021) : Extraction de trace de Hoare à partir de données temporelles de régulations biologiques , Romain Charreire. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2018) : Modélisation Discrète d'un Consortium des Micro-organismes Synthétiques Conçus Pour la Production d'Isobutanol, Gabriel FLORES-LIPA. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 1ère année de Master SVS-BIM, université de Nice (février-juin 2017) : Étude et modélisation qualitative d’une voie de synchronisation des horloges circadiennes périphériques par le noyau suprachiasmatique , D. Boyenval. Stage co-encadré avec Gilles Bernot et Franck Delaunay.
  • Stage de 2ème année de l'Ecole des Mines de Saint-Etienne (juin-aout 2016) : Using multivector fields in Thomas modeling framework for gene regulatory networks, P. Nagellen. Stage co-encadré avec Gilles Bernot.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2012) : Modélisation qualitative du réseau de régulation génétique impliqué dans la segmentation antéropostérieure de l'embryon de drosophile, Céline Elie.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2011) : Modèle de couplage du SNC et des tissus périphériques pour le rythme circadien chez les mammifères, Huang Wu.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2011) : Un simulateur de réseaux de régulations prennant en compte l'environnement, Guillaume Jamin.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2010) : Modélisation du rythme circadien chez les mammifères, Approche discrète avec délais, A. Cessieux.
  • Stage de 3ème année de l'EPU de Nice-Sophia-Antipolis, département Génie Biologique (juillet 2010) : Modélisation du rythme circadien chez la drosophile, C. Massot.
  • Stage de 2ème année de l'IEE (juin-sept 2002) : Application de l'algèbre (max,+) à la comparaison de séquences biologiques, C. Lequeux.