Page matériel pédagogique

Jean-Paul Comet, Université Côte d'Azur

Année 2025-2026

Cours d'introduction à l'Intelligence Artificielles pour la biologie [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2025--2026.
  1. Cours n.1 : Introduction à l'IA pour la biologie, sujet de Td
  2. Cours n.2 : Arbres de décision , sujet de Td
  3. Cours n.3 : Clustering, sujet de Td, article, données sur la leucémie
  4. Cours n.4 : Classification naïve bayésienne, sujet de Td, tableau des effectifs (fichier .xlsx), des tables statistiques
  5. Cours n.5 : Les Machines à Vecteurs Supports et méthodes à noyaux, sujet de Td, données pour l'exercice 1,
    Projet : Feuille de route
  6. Cours n.6 : Les réseaux de neurones, sujet de Td, données pour l'exercice 2,
  7. Cours n.7 : Matrices de confusion, surapprentissage, sujet de Td
  8. Cours n.8 : Sensibilisation à l'apprentissage par renforcement, sujet de Td, pour l'exercice 1, pour l'exercice 2,
Cours d'IA symbolique pour les réseaux biologiques complexes [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2025--2026.
  1. Transparents : 1ère partie du cours sur le lien avec les eq. diff.
  2. TD n.1 : lien équa. diff. et modélisation qualitative
  3. Transparents : 2de partie du cours sur le model checking
  4. TD n.2 : manipulation de CTL
  5. TD n.3 : Utilisation d'un mini TotemBioNet
    4 fichiers à télécharger: formulae.py, formulae_of_multiplex.py, modelcheck.py, thomas_multiplex.py.
    Pour exercice 5: exercice-5-IG.py
  6. Examens des années précédentes : 2022 2023 2024
Cours de Génie Logiciel et UML [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2025--2026.
Cours de Bases de données avancées et Interfaces [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2025--2026.
  1. Evaluation au travers d'un projet en groupe
Enseignement de Biologie des systèmes [semestre 1] EPU département GB, 4ème année, 2025--2026.
  1. Introduction aux réseaux de régulations: quelques slides
  2. Support de cours -- Travaux dirigés: un exemple pas à pas
Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2025--2026.
  1. cours du 28 janvier 2026, sur une introduction à la complexité. TD 1, sur les tris.
  2. cours du 3 février 2026, sur le pattern matching. TD 2, sur le pattern matching TD complémentaire, sur la programmation structurée.
  3. cours du 10 février 2026, sur les automates.
  4. cours du 16 février 2026, sur les graphes. TD 3, sur les graphes
  5. cours du 2 mars 2026, sur les parcours de graphes. TD 4, sur les parcours de graphes
  6. cours du 9 mars 2026, sur le recherche de plus court chemin.
  7. cours du 16 mars 2026, sur la programmation dynamique, TD 5, sur la programmation dynamique
  8. quelques pages d'introduction à la "programmation dynamique" avec le problème paradigmatique du sac à dos, à éventuellement présenter le 16 mars. Dans le document, vous trouverez l'exemple introductif (fibonacci), exemple qui n'est là que pour introduire la notion de stockage des résultats intermédiaires, mais qui aide à comprendre le concept de programmation dynamique. Si vous êtes toujours partant pour présenter le problème du sac à dos, vous pouvez:
    • présenter l'exemple introductif (Suite de Fibonacci) + problème du sac à dos
    • présenter uniquement le problème du sac à dos, dans quel cas, je ferai l'exemple introductif.
    Vous pouvez vous inspirer d'autres supports (très nombreux), mais seule l'approche "Programmation Dynamique" sera à présenter, ne cherchez pas à résoudre le problème du sac à dos par d'autres méthodes.
  9. Sujets d'examen : 2021, 2022, 2023, 2024. 2025.
Techniques de simulation pour la biologie [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2025--2026.
  1. cours du 20 mars 2026
  2. énoncé du TD sur les réseaux de Petri
  3. Sujets d'examen : 2022, 2023, 2024, 2025.
Biologie Systémique ECUE 2 : Méthodes formelles pour la modélisation discrète [semestre 1] Master SVS, parcours BBC 2025--2026.

Années précédentes

A Nice

Enseignement de Bases de Données relationnelles [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2022--2023.
  1. Sujets d'examen: 2019, en 2020: évaluation par QCM sur moodle, 2021, 2022, 2023.
Cours de Bonnes pratiques de programmation (python) [semestre 1] EPU GB3, 2021--2022.
  1. Télécharger python à l'adresse https://www.python.org/downloads/
  2. Guide d'installation de Python 3
  3. Examen en fin de semestre.
Cours d'Outils Mathématiques pour la Biologie [semestre 1] EPU GB3, 2018--2019.
  1. Sujets d'examen : 2014, 2015, 2016, 2017, 2018.
Intelligence Artificielle et Bio-informatique, médécine [semestre 2] L3 IA + DL M+LV, 2021--2022.
Intervenants: V. Zarzoso et J.-P. Comet
  1. cf moodle
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) [semestre 1] Master SVS, 2008--2016, 2018--2021.
Cet enseignement n'a eu lieu ni en 2016-2017 ni en 2017-2018.
  1. Sujets d'examen : décembre 2018, décembre 2019, décembre 2020,
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) + Introduction aux Bases de données [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
Intervenants: E. De Maria, G. Bernot et J.-P. Comet
Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
  1. Sujets d'examen : décembre 2015, décembre 2016

A Evry

  1. Cours de structures de données, M1-GBI.
  2. Cours Modélisation et simulation avancées, M2-GBI.
  3. Cours de génie logiciel, L3 informatique.
  4. Cours d'Algorithmique pour la Bio-Informatique, DESS GBI.
  5. Introduction à l'Algorithmique pour la bioinformatique, IUP GBI Licence.
  6. Introduction à la programmation Prolog, Licence Informatique.
  7. Option BioInformatique, DESS CCI.