Page matériel pédagogique

Jean-Paul Comet, Université de Nice Sophia Antipolis

Année 2024-2025

Cours d'introduction à l'Intelligence Artificielles pour la biologie [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2024--2025.
  1. Cours n.1 : Introduction à l'IA pour la biologie, sujet de Td
  2. Cours n.2 : Arbres de décision , sujet de Td
  3. Cours n.3 : Clustering, sujet de Td, article, données sur la leucémie
  4. Cours n.4 : Classification naïve bayésienne, sujet de Td, tableau des effectifs (fichier .xlsx), des tables statistiques
  5. Cours n.5 : Les Machines à Vecteurs Supports et méthodes à noyaux, sujet de Td, données pour l'exercice 1,
  6. Cours n.6 : Les réseaux de neurones, sujet de Td, données pour l'exercice 2,
  7. Cours n.7 : Matrices de confusion, surapprentissage, sujet de Td
  8. Cours n.8 : Sensibilisation à l'apprentissage par renforcement, sujet de Td, pour l'exercice 1, pour l'exercice 2, une solution de l'exercice 2,
  9. Projet : Feuille de route
Cours d'IA symbolique pour les réseaux biologiques complexes [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2024--2025.
  1. Transparents : 1ère partie du cours sur le lien avec les eq. diff.
  2. TD n.1 : lien équa. diff. et modélisation qualitative
  3. Transparents : 2de partie du cours sur le model checking
  4. TD n.2 : manipulation de CTL
  5. TD n.3 : Utilisation d'un mini TotemBioNet
    4 fichiers à télécharger: formulae.py, formulae_of_multiplex.py, modelcheck.py, thomas_multiplex.py.
    Pour exercice 5: exercice-5-IG.py
  6. Examens des années précédentes : 2022 2023
Cours de Génie Logiciel et UML [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2024--2025.
Cours de Bases de données avancées et Interfaces [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, 2024--2025.
  1. Evaluation au travers d'un projet en groupe
Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2023--2024.
  1. Sujets d'examen : 2020, 2021, 2022, 2023, 2024.
Techniques de simulation pour la biologie [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2023--2024.
  1. Sujets d'examen : 2021, 2022, 2023, 2024.
Biologie Systémique ECUE 2 : Méthodes formelles pour la modélisation discrète [semestre 1] Master SVS, parcours BBC 2024--2025.
  1. Cours n.1 : logique temporelle pour les réseaux génétiques, sujet de Td
  2. Cours n.2 : logique de Hoare pour les réseaux génétiques, sujet de Td

Années précédentes

A Nice

Enseignement de Bases de Données relationnelles [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2022--2023.
  1. Sujets d'examen: 2019, en 2020: évaluation par QCM sur moodle, 2021, 2022, 2023.
Cours de Bonnes pratiques de programmation (python) [semestre 1] EPU GB3, 2021--2022.
  1. Télécharger python à l'adresse https://www.python.org/downloads/
  2. Guide d'installation de Python 3
  3. Examen en fin de semestre.
Cours d'Outils Mathématiques pour la Biologie [semestre 1] EPU GB3, 2018--2019.
  1. Sujets d'examen : 2014, 2015, 2016, 2017, 2018.
Intelligence Artificielle et Bio-informatique, médécine [semestre 2] L3 IA + DL M+LV, 2021--2022.
Intervenants: V. Zarzoso et J.-P. Comet
  1. cf moodle
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) [semestre 1] Master SVS, 2008--2016, 2018--2021.
Cet enseignement n'a eu lieu ni en 2016-2017 ni en 2017-2018.
  1. Sujets d'examen : décembre 2018, décembre 2019, décembre 2020,
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) + Introduction aux Bases de données [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
Intervenants: E. De Maria, G. Bernot et J.-P. Comet
Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
  1. Sujets d'examen : décembre 2015, décembre 2016

A Evry

  1. Cours de structures de données, M1-GBI.
  2. Cours Modélisation et simulation avancées, M2-GBI.
  3. Cours de génie logiciel, L3 informatique.
  4. Cours d'Algorithmique pour la Bio-Informatique, DESS GBI.
  5. Introduction à l'Algorithmique pour la bioinformatique, IUP GBI Licence.
  6. Introduction à la programmation Prolog, Licence Informatique.
  7. Option BioInformatique, DESS CCI.